Hans-Günther Wauer (* 12. Dezember 1925) ist ein deutscher Kirchenmusiker.
Nach dem Studium an der Hochschule für Musik in Leipzig bei Karl Straube war er von 1951 bis 1996 als Domorganist und Kantor in Merseburg tätig. Außerdem war er Dozent für Orgelspiel und Improvisation an der Kirchenmusikschule Halle. 1971 spielte er auf der Ladegast-Orgel des Merseburger Doms die Orgelwerke von Franz Liszt für Schallplatte ein. Er gründete die Merseburger Orgeltage und setzte sich für die zeitgenössische Orgelliteratur ein. Als Organist gastierte er in ganz Europa, beispielsweise in der Westminster Abbey und der Kathedrale Notre-Dame zu Paris. Er pflegt besonders die Orgelimprovisationen und suchte hierfür bereits sehr frühzeitig die Zusammenarbeit mit anderen, vom Jazz kommenden improvisationserfahrenen Musikern wie Günter "Baby" Sommer, Ernst-Ludwig Petrowsky, Theo Jörgensmann, Hermann Naehring, Warnfried Altmann oder Louis Moholo. Er erweitert seine Orgelkonzerte auch durch Einbeziehung von Künstlern aus anderen Bereichen wie (politischer) Literatur, Tanz, bildender Kunst oder Film.
1997 wurde Wauer zum Professor ernannt, und 1998 erhielt er das Bundesverdienstkreuz I. Klasse. Wauer wurde 2006 die Bürgermedaille der Stadt Merseburg verliehen.